Charles Robert Darwin (lahir di Shrewsbury,  Shropshire,  Inggris,  12  Desember 1809 – meninggal  di Downe, Kent, Inggris,  19  April 1882  pada umur 72 tahun) adalah seorang naturalis  Inggris  yang teori revolusionernya meletakkan landasan bagi teori evolusi  modern dan prinsip garis keturunan yang sama (common descent)  dengan mengajukan seleksi alam sebagai mekanismenya. Teori ini  kini dianggap sebagai komponen integral dari biologi  (ilmu hayat).
 Ia mengembangkan minatnya dalam sejarah alam ketika ia mula-mula  belajar ilmu kedokteran, dan  kemudian teologi,  di universitas. Perjalanan lautnya ke seluruh dunia selama lima tahun  di atas kapal HMS Beagle  tulisan-tulisannya yang berikutnya menjadikannya seorang geologis  terkemuka dan penulis yang terkenal. Pengamatan biologisnya  membawanya kepada kajian tentang transmutasi spesies dan ia mengembangkan  teorinya tentang seleksi alam pada 1838. Karena sadar sepenuhnya bahwa  orang-orang lain yang mengemukakan gagasan-gagasan yang dianggap sesat  seperti itu mengalami hukuman yang hebat, ia hanya menyampaikan  penelitiannya ini kepada teman-teman terdekatnya. Namun ia meneruskan  penelitiannya dengan menyadari akan munculnya berbagai keberatan  terhadap hasilnya. Namun pada 1858 informasi bahwa Alfred Russel Wallace juga menemukan teori serupa  mendorongnya melakukan penerbitan bersama tentang teori Darwin.
 Bukunya On the Origin of Species by Means of Natural Selection, or  The Preservation of Favoured Races in the Struggle for Life  (biasanya disingkat menjadi The Origin of Species) (1859)  merupakan karyanya yang paling terkenal sampai sekarang. Buku ini  menjelaskan evolusi melalui garis  keturunan yang sama sebagai penjelasan ilmiah yang dominan mengenai  keanekaragaman di dalam alam. Darwin diangkat menjadi Fellow of the  Royal Society, melanjutkan penelitiannya, dan menulis serangkaian  buku tentang tanaman dan binatang, termasuk manusia, dan yang menonjol  adalah The Descent of Man, and Selection in Relation  to Sex dan The Expression of the Emotions in Man and  Animals. Bukunya yang terakhir adalah tentang cacing  tanah.
 Sebagai tanda pengakuan terhadap kehebatan Darwin, ia dikebumikan di Westminster Abbey, bersama dengan William Herschel dan Isaac  Newton.
    Kehidupan
  Masa kecil
   
   Charles Darwin, tujuh tahun, pada 1816, setahun sebelum ibunya tiba-tiba  meninggal dunia.
    Charles Darwin dilahirkan di Shrewsbury,  Shropshire, Inggris, di rumah keluarganya, the Mount House.  Ia adalah anak kelima dari enam bersaudara dari seorang dokter yang  kaya, Robert  Darwin dan Susannah  Wedgwood. Kakeknya, Erasmus  Darwin dari pihak ayah dan Josiah  Wedgwood dari pihak ibunya. Keduanya berasal dari keluarga Inggris  terkemuka, keluarga  Darwin — Wedgwood yang mendukung gereja Unitarian.  Ibunya meninggal dunia ketika Charles masih berusia delapan tahun.  Ketika pada tahun berikutnya ia bersekolah di Sekolah  Shrewsbury yang tidak begitu jauh, ia tinggal di asrama sekolah  itu.
 Berkat kekayaan orang tuanya, Darwin menikmati kenyamanan dan  mempunyai akses untuk mengenyam fasilitas-fasilitas pendidikan yang  bagus. Namun demikian, ayahnya kuatir akan masa depan Darwin, karena ia  hanya bersenang-senang dengan berburu, main-main dengan anjing dan  menangkap tikus. Ayahnya khawatir bahwa Darwin akan membawa malu  keluarga. Walaupun Darwin sudah sejak dini tertarik biologi,  untuk menyenangkan ayahnya, ia mengambil studi kedokteran.
 Pada 1825, setelah melewati musim panas sebagai seorang dokter  magang, menolong ayahnya merawat orang-orang miskin di Shropshire,  Darwin melanjutkan ke Universitas  Edinburgh untuk belajar kedokteran. Namun ia sangat membenci  kebrutalan praktik bedah sehingga ia meninggalkan studinya. Ia belajar  bagaimana mengawetkan binatang dari John  Edmonstone, seorang budak kulit hitam yang telah dibebaskan, yang  menceritakan kepadanya kisah-kisah menarik mengenai hutan tropik  di Amerika Selatan. Pada tahun keduanya, Darwin menjadi aktif dalam  perhimpunan mahasiswa untuk para naturalis.  Ia menjadi murid yang giat dari Robert  Edmund Grant. Grant adalah orang yang merintis pengemangan  teori-teori Jean-Baptiste Lamarck  dan teori kakek Charles, Erasmus, mengenai evolusi dengan meneliti  karakteristik. Darwin ikut serta dalam penelitian Grant mengenai siklus  hidup binatang laut di pantai Firth of  Forth yang menemukan bukti untuk homologi, teori radikal bahwa semua  binatang mempunyai organ yang serupa dan hanya berbeda-beda dalam  kompleksitasnya. Pada Maret 1827, Darwin memberikan presentasi kepada Perhimpunan  Plinian tentang penemuannya sendiri bahwa spora-spora hitam yang  seringkali ditemukan pada kulit tiram adalah telur-telur sejenis lintah (skate  leech). Ia juga mengikuti kuliah Robert  Jameson mengenai sejarah alam, dan belajar tentang geologi stratigrafik  serta bagaimana  mengklasifikasikan tanaman sementara memantu dengan pekerjaan  mengembangkan koleksi yang luas dari Museum  Universitas Edinburgh.
   
   Semasa hidupnya dan setelah kematiannya, Charles Darwin terkenal secara  internasional sebagai ilmuwan berpengaruh yang meneliti topik-topik  kontroversial.
    Pada 1827, ayahnya yang tidak gembira karena anak tidak berminat  untuk menjadi dokter, diam-diam mendaftarkannya dalam sebuah program Bachelor  of Arts di Christ's College, Universitas Cambridge, untuk  menyiapkannya menjadi pendeta. Ini adalah sebuah pilihan yang masuk akal  saat itu ketika para pendeta Anglikan  memperoleh penghasilan yang lumayan, dan kebanyakan dari kaum naturalis  di Inggris saat itu adalah pendeta yang menganggap bagian dari tugas  mereka adalah "menjelajahi keajaiban-keajaiban ciptaan Tuhan". Di  Cambridge, Darwin lebih suka menunggang kuda dan menembak daripada  belajar. Bersama-sama sepupunya, William  Darwin Fox, ia tenggelam dalam kegemaran saat itu untuk berlomba  mengumpulkan kumbang. Fox pun memperkenalkannya kepada Pendeta John  Stevens Henslow, profesor botani,  untuk mendapatkan nasihat ahli tentang kumbang. Kemudian Darwin ikut  dalam kelas sejarah alam Henslow, menjadi murid kesayangannya, dan  kemudian dikenal sebagai "orang yang berjalan bersama Henslow". Ketika  ujian tiba, Darwin memusatkan perhatiannya lebih pada studinya dan  mendapatkan kelas tambahan khusus dari Henslow dalam mata pelajaran  matematika dan teologi. Darwin khususnya sangat tertarik akan  tulisan-tulisan William  Paley, termasuk argumen  tentang rancangan ilahi dalam alam. Dalam ujian-ujian akhirnya pada  Januari 1831, ia berhasil dengan baik dalam teologi dan karena ia  belajar keras dalam studi klasik,  matematika  dan fisika,  ia muncul pada peringkat 10 dari 178 mahasiswa yang lulus.
 Tuntutan residensi mewajibkan Darwin tinggal di Cambridge hingga  Juni. Mengikuti teladan dan nasihat Henslow, ia tidak tergesa-gesa untuk  menjadi pendeta. Ia diilhami oleh tulisan Alexander von Humboldt, Personal  Narrative, dan karena itu ia berencana mengunjungi Kepulauan Madeira untuk mempelajari  sejarah alam di daerah tropik dengan sejumlah teman sekelasnya setelah  lulus. Untuk mempersiapkan diri, Darwin mengambil kelas geologi dari  Pendeta Adam  Sedgwick, seorang penganjur kuat dari rancangan  ilahi, dan pada musim panas pergi bersamanya untuk membantu dalam  memetakan lapisan (strata) di Wales.  Darwin sedang melakukan penelitian stratanya sendiri ketika rencananya  untuk pergi ke Madeira dibatalkan oleh pesan bahwa rekan yang akan pergi  bersamanya telah meninggal dunia, namun ketika ia pulang ke rumah ia  menerima surat yang lain. Henslow telah memberikan rekomendasi untuk  Darwin untuk posisi yang tidak dibayar untuk menjadi pendamping bagi Robert  FitzRoy, kapten HMS Beagle,  dalam sebuah ekspedisi dua tahun untuk menjelajahi garis pantai Amerika Selatan. Hal ini akan memberikan Darwin kesempatan  yang berharga untuk mengembangkan kariernya sebagai seorang naturalis.  Ayahnya menentang perjalanan itu, menganggapnya sebagai pemborosan  waktu, namun ia terbujuk oleh Josiah  Wedgwood II hingga menyetujui partisipasi anaknya. Perjalanan ini  menjadi ekspedisi lima tahun yang menyebabkan perubahan-perubahan  dramatis dalam banyak bidang ilmu pengetahuan.
  Perjalanan dengan Beagle
   
   Sementara 
HMS Beagle  menyelidiki pantai-pantai liar 
Amerika Selatan, Darwin mulai mengembangkan teori tentang  keajaiban alam di sekitarnya.
    Darwin sudah memutuskan bahwa sudah menjadi jalan hidupnya untuk  menjadi pendeta dan hidup dengan tenang ketika ia menerima tawaran yang  sangat menggoda. Darwin diundang untuk mendampingi Kapten Robert  FitzRoy di kapal HMS Beagle.  Pada waktu itu, sudah menjadi kebiasaan bahwa kapten kapal mempunyai  pendamping selama ekspedisi kapal yang biasanya berlangsung selama  bertahun-tahun. Karena kedudukan Kapten FitzRoy yang cukup tinggi, hanya  seorang 'gentleman' yang dapat menjadi pendampingnya. Garis nigrat  Darwin terbukti berguna. Walaupun ekspedisi ini bertujuan untuk membuat  peta kelautan, FitzRoy diam-diam mempunyai rencana untuk mencari  bukti-bukti penciptaan seperti yang tertulis di Kitab Injil.  Ironisnya, Darwin dipilih oleh FitzRoy karena Darwin adalah calon  pendeta, selain juga berkat darah ningratnya.
 Survai Beagle berlangsung lima tahun. Darwin menghabiskan dua  pertiga dari waktunya ini untuk menjelajani daratan. Ia menyelidiki  beraneka ragam penampilan geologis, fosil dan  organisme hidup, dan menjumpai beraneka ragam manusia, baik masyarakat  pribumi maupun kolonial. Secara metodik ia mengumpulkan sejumlah besar  spesimen, banyak di antaranya baru bagi ilmu pengetahuan. Hal ini  mengukuhkan reputasinya sebagai seorang naturalis dan menjadikannya  salah seorang perintis dalam bidang ekologi,  khususnya pemahaman tentang biokoenosis.  Catatan-catatan terincinya yang panjang lebar memperlihatkan karunianya  untuk membangun teori dan membentuk dasar bagi pekerjaannya di kemudian  hari, serta memberikan pemahaman antropologis  sosial, politik yang mendalam tentang daerah-daerah yang dikunjunginya.
 Dalam pelayaran itu, Darwin membaca buku Charles  Lyell, Principles of Geology (Prinsip-prinsip Geologi),  yang menjelaskan penampilan geologis sebagai akibat dari proses  bertahap selama berbagai periode yang panjang, dan menulis surat kepada  keluarganya bahwa ia menyaksikan bentuk-bentuk tanah "seolah-olah ia  mempunyai mata Lyell": ia melihat dataran-dataran dari lapisan tipis  (shingle) yang terjal dan kerang-kerang di Patagonia  sebagai pantai-pantai yang menaik. Di Chile ia mengalami gempa bumi dan mencatat  dasar-dasar laut dengan kerang yang  terdampar di atas pasang yang tinggi yang memperlihatkan bahwa tanah itu  telah menaik; dan bahkan pada tempat-tempat yang tinggi di Andes, ia  dapat mengumpulkan kerang-kerang laut. Ia membuat teori bahwa atol-atol  karang membentuk pada gunung-gunung vulkanik yang tenggelam, sebuah  gagasan yang ia lihat dikukuhkan ketika Beagle menyelidiki Kepulauan Cocos (Keeling).
 Di Amerika Selatan ia menemukan fosil-fosil mamalia raksasa yang  telah punah, teermasuk megatheria  dan gliptodon  dalam lapisan-lapisan yang tidak memperlihatkan tanda-tanda katastrofi  ataupun perubahan iklim. Sesekali ia mengangggap mereka serupa dengan  spesies-spesies di Afrika, tetapi setelah pelayaran Richard Owen  memperlihatkan bahwa sisa-sisa itu berasal dari binatang-binatang yang  terkait dengan makhluk-makhluk hidup di tempat yang sama. Di Argentina  dua spesies dari rhea mempunyai wilayah-wilayah yang  terpisah namun bertumpang tindih. Di Kepulauan Galápagos Darwin menemukan  bahwa mockingbird  berbeda dari satu pulau ke pulau lainnya, dan ketika kembali ke  Britania kepadnya diperlihatkan bahwa kura-kura  Galápagos tortoise dan  burung-burung finch  juga berbeda-beda spesiesnya tergantung pada masing-masing pulau yang  mereka huni. Binatang berkantung Australia kanguru tikus  dan platipus  adalah binatang-binatang yang sangat aneh sehingga ia berpikir "Orang  yang tidak percaya ... mungkin akan berkata 'Pastilah dua Pencipta yang  berbeda telah bekerja'." Ia dibingungkan oleh apa yang dilihatnya, dan  ssementara dalam edisi pertama dari The  Voyage of the Beagle (Pelayaran di Beagle) ia menjelaskan  distribusi spesies berdasarkan gagasan Charles  Lyell tentang "pusat-pusat ciptaan", dalam edisi-edisi yang  belakangan dari Journal ini, ia mulai membayangkan penggunaan  fauna Kepulauan Galápagos sebagai bukti untuk evolusi: "orang mungkin  benar-benar menduga bahwa dari sejumlah kecil burung yang asli di  kepulauan ini, satu spesies telah diambil dan dimodifikasi untuk  tujuan-tujuan yang berbeda."
 Tiga orang misionaris pribumi dikembalikan oleh Beagle ke Tierra del Fuego. Mereka telah diberadabkan di Inggris selama  dua tahun, namun sanak keluarga mereka di mata Darwin tampak "liar",  sedikit di atas binatang. Dalam waktu setahun, para misionaris itu telah  kembali ke kehidupan mereka yang keras dan primitif, namun mereka lebih  menyukainya dan tidak ingin kembali ke dunia yang beradab. Pengalaman  ini dan penolakan Darwin terhadap perbudakan  dan berbagai perlakuan yang tidak manusiawi lainnya yang dilihatnya di  tempat-tempat lain, seperti misalnya perlakuan buruk terhadap kaum  pribumi oleh para kolonis Inggris di Tasmania  meyakinkannya bahwa tidak ada pembenaran moral apapun untuk  memperlakukan orang lain dengan buruk berdasarkan konsep ras. Kini ia  berpendapat bahwa umat manusia tidaklah terlalu jauh dari binatang,  berbeda dengan apa yang diyakini oleh teman-temannya kaum agamawan.
 Sementara di kapal, Darwin mengalami mabuk laut. Pada Oktober 1833 ia  mendapat demam di Argentina, dan pada Juli 1834, ketika kembali dari  pegunungan Andes ke Valparaíso,  ia jatuh sakit dan terpaksa tinggal di tempat tidur selama sebulan.  Sejak 1837 Darwin berulang-ulang menderita sakit perut, muntah-muntah,  bisul yang parah, jantung berdebar-debar, gemetaran dan berbagai gejala  lainnya. Semua gejala ini khususnya mempengaruhinya pada saat-saat ia  merasa tertekan, seperti misalnya ketika menghadiri pertemuan-pertemuan  atau berhadapan dengan pertikaian mengenai teorinya. Penyebab penyakit  Darwin tidak diketahui pada masa hidupnya, dan berbagai upaya untuk  merawatnya tidak banyak berhasil. Spekulasi baru-baru ini menyebutkan  bahwa di Amerika Selatan ia terkena penyakit  Chagas karena gigitan serangga, yang menyebabkan berbagai masalah  belakangan. Penyebab lainnya yang mungkin antara lain adalah  masalah-masalah psiko-biologis dan penyakit  Ménière.
  Karier dalam  ilmu pengetahuan, pembentukan teori
    
   Ketika masih muda, Charles Darwin bergabung dengan elit ilmiah.
    Ketika masih dalam pelayaran, Henslow  dengan hati-hati memperkuat reputasi bekas muridnya dengan memberikan  kepada sejumlah naturalis terpilh akses kepada contoh-contoh fosil dan  salinan-salinan tercetak tulisan-tulisan geologis Darwin. Ketika Beagle  kembali pada 2 Oktober 1836, Darwin telah menjadi terkenal di kalangan ilmiah.  Ia mengunjungi keluarganya di Shrewsbury dan ayahnya mengembangkan  tabungan agar Darwin dapat menjadi seorang ilmuwan yang didukung dengan  dananya sendiri. Kemudian Darwin pergi ke Cambridge dan membujuk Henslow  agar mengerjakan deskripsi botanis tentang tanaman-tanaman modern yang  telah dikumpulkannya. Setelah itu Darwin berkeliling ke lembaga-lembaga  di London  untuk mencari naturalis terbaik yang ada untuk menggambarkan  koleksi-koleksinya yang lain untuk penerbitan pada waktu yang tepat. Charles  Lyell yang sangat bersemangat menemui Darwin pada 29  Oktober dan memperkenalkannya kepada Richard Owen  seorang ahli anatomi yang sedang naik daun. Setelah mengerjakan koleksi  tulang-tulang fosil Darwin pada Perhimpunan Ahli Bedah Kerajaan-nya, Owen menimbulkan  kejutan besar dengan mengungkapkan bahwa sebagian daripadanya berasal  dari tikus-tikus  dan sejenis binatang merayap raksasa yang telah musnah. Hal ini  meningkatkan reputasi Darwin. Dengan dukungan Lyell yang antusias,  Darwin menyampaikan makalahnya yang pertama kepada Perhimpunan Geologis London pada 4  Januari 1837,  dan mengatakan bahwa tanah Amerika Selatan pelan-pelan sedang menaik.  Pada hari yang sama Darwin menyajikan contoh-contoh mamalia dan  burungnya kepada Perhimpunan Zoologis London. Binatang-binatang mamalia  itu diambil oleh George  R. Waterhouse. Meskipun burung-burung itu kelihatannya seperti  pemikiran yang baru muncul belakangan, John Gould,  seorang ahli burung mengungkapkan bahwa apa yang disangka Darwin  sebagai "wren", burung-burung hitam, dan finch yang  agak berbeda-beda dari Galápagos semuanya adalah finch,  tetapi masing-masing merupakan spesies yang berbeda. Yang lainnya di Beagle  termasuk FitzRoy juga telha mengumpulkan burung-burung ini dan lebih  cermat dengan catatan-catatan mereka, hingga memungkinkan Darwin  menemukan dari pulau mana masing-masing spesies itu berasal.
 Di London Charles tinggal dengan saudaranya, Erasmus,  seorang pemikir  bebas. Pada pesta-pesta jamuan makan ia berjumpa dengan sejumlah cendikiawan  yang berpendapat bahwa Tuhan telah menetapkan kehidupan sebelumnya  dengan hukum-hukum alam, ketimbang dengan ciptaan-ciptaan yang ajaib  untuk sementara. Sahabat saudaranya, Nn. Harriet  Martineau adalah seorang penulis yang cerita-ceritanya mempromosikan  pembaruan-pembaruan Hukum  orang miskin Whig Malthus. Kalangan ilmiah heboh dengan gagasan-gagasan  tentang transmutasi spesies yang secara  kontroversial dikaitkan dengan kehebohan  Radikal. Darwin lebih suka akan teman-temannya yang  terhormat, para profesor Cambridge, meskipun gagasan-gagasannya  melampaui keyakinan mereka bahwa sejarah alam harus membenarkan agama  dan tatanan sosial.
 Pada 17 Februari 1837, Lyell menggunakan pidato kepresidenannya di  Perhimpunan Geografis untuk menyajikan temuan-temuan Owen untuk  menentukan tanggal fosil-fosil Darwin, dan menunjukkan inferensi bahwa  spesies-spesies dari binatang-binatang yang telah pu nah itu terkait  dengan spesies-spesies dari yang ada sekarang di tempat yang sama. Pada  pertemuan yang sama Darwin terpilih menjadi anggota Dewan Perhimpunan  itu. Ia sudah diundang oleh FitzRoy untuk menyumbangkan tulisan dalam Journal  berdasarkan catatan-catatan lapangannya sebagai bagian sejarah alam  tentang laporan kapten dari pelayaran Beagle. Kini ia tenggelam  dalam penulisan buku mengenai geologi Amerika Selatan. Pada saat yang  sama ia berspekulasi tentang transmutasi dalam Buku Catatan Merah-nya  yang telha dimulainya di atas Beagle. Sebuah proyek lain yang  dimulainya mendapatkan laporan-laporan para ahli tentang koleksinya yang  diterbitkan sebagai rangkaian terbitan Zoology of the Voyage of  H.M.S. Beagle (Zoologi dari Pelayaran H.M.S. Beagle), dan Henslow  menggunakan kontak-kontaknya untuk mengatur pemberian sebesar £1,000  dari Perbendaharaan untuk mensponsorinya. Darwin menyelesaikan penulisan  Journal-nya sekitar 20 Juni  ketika Raja William IV meninggal dunia dan zaman Victoria dimulai. Pada  pertengahan Juli ia memulai buku catatan "B"-nya yang rahasia  tentang transmutasi, dan mengembangkan hipotesis  bahwa di mana setiap pulau dari Kepulauan Galápagos mempunyai jenis kura-kuranya  sendiri, semuanya itu berasal dari satu spesies kura-kura dan telah  menyesuaikan diri dengan pulau-pulau yang berlainan dalam cara yang  berbeda-beda.
 Di bawah tekanan untuk menata Zoologi dan mengoreksi  naskah-naskah untuk Journal-nya, kesehatan Darwin mengalami  kemunduran. Pada 20 September 1837 ia  menderita "jantung yang berdebar-debar" dan pergi ke daerah pedesaan  untuk memulihkan kesehatannya. Ia mengunjungi Maer Hall  tempat bibinya yang invalid diasuh oleh anak perempuannya yang tetap  melajang, Emma Wedgwood,  dan menghibur sanak keluarganya dengan cerita-cerita mengenai  perjalanannya. Pamannya, Jos  menunjukkan sebuah tempat di tanah di mana cinders menghilang di  bawah loam dan  mengatakan bahwa itu semua adalah pekerjaan cacing tanah. Darwin  memperoleh gagasan untuk sebuah percakapan yang disampaikannya kepada  Perhimpunan Geologis pada 1  November, tentang topik yang sangat biasa tentang cacing tanah. Ia  telah menghindari jabatan-jabatan resmi yang dapat menyita waktunya yang  berharga, namun pada Maret itu, Whewell telah merekrutnya sebagai  Sekretaris dari Perhimpunan Geologis. Sakitnya membuat Darwin  beristirahat dari tekanan pekerjaan, dan ia pergi melakukan penelitian  geologi di Skotlandia. Dalam udara yang cerah ia mengunjungi Glen Roy  untuk melihat fenomena yang dikenal sebagai "jalan-jalan" yang - secara  keliru - disebutnya sebagai pantai-pantai yang menaik.
  Setelah sembuh total, ia kembail ke rumahnya di Shrewsbury. Ia  memikirkan karier dan prospeknya secara ilmiah, dan karena itu ia  menyusun sebuah daftar dengan dua kolom dengan judul "Menikah"  dan "Tidak Menikah". Daftar yang dimasukkan di bawah kolom  pro-perhikahan mencakup "pendamping tetap dan teman pada usia tua ...  betapapun lebih baik daripada seekor anjing," sementara daftar di antara  yang kontra adalah "lebih sedikit uang untuk buku" dan "hilangnya waktu  yang sangat menyedihkan." Pertimbangan pro akhirnya menang. Ia  membicarakan hal ini dengan ayahnya lalu pergi mengunjungi sepupunya  Emma pada 29  Juli 1838.  Ia tidak langsung melamar, namun berlawanan dengan nasihat ayahnya, ia  menceritakan kepada Emma gagasannya tentang transmutasi. Sementara  pikiran dan pekerjaannya berlanjut di London pada msuim gugur, ia  berkali-kali jatuh sakit. Pada 11  November ia kembali dan melamar Emma, dan sekali lagi menceritakan  kepadanya gagasan-gagasannya. Ia menerimanya, namun belakangan menulis  dan memohon kepadanya agar membaca dari Injil  Yohanes bagian tentang kasih dan mengikut Jalan yang juga  menyatakan bahwa "Barangsiapa tidak tinggal di dalam Aku, ia ...  dicampakkan ke dalam api lalu dibakar". Charles mengirimkan jawaban  yang hangat yang menghapuskan keprihatinannya, namun Emma tetap kuatir  bahwa kemunduran iman Charles akan membahayakan harapannya bahwa mereka  akan berjumpa lagi dalam kehidupan setelah kematian.
  Pernikahan dan  anak-anak
  Pada 29 Januari 1839, Darwin menikahi sepupunya Emma Wedgwood  di Maer dalam sebuah upacara Anglikan yang diatur agar sesuai dengan kaum Unitarian.
 Setelah pertama-tama tinggal di Gower Street, London,  pasangan ini pindah pada 17  September 1842  ke Down House  di Downe (yang kini  terbuka untuk kunjungan masyarakat, di selatan Orpington).  Keluarga Darwin mempunyai sepuluh orang anak, tiga di antaranya  meninggal dalam usia dini. Banyak dari mereka dan cucu-cucu mereka kelak  menjadi terkenal (lihat keluarga  Darwin — Wedgwood)
  Beberapa dari anak-anak mereka menderita penyakit atau lemah  tubuhnya. Charles Darwin kuatir bahwa hal ini mungkin disebabkan karena  garis keturunannya dengan Emma cukup dekat. Hal ini diungkapkannya dalam  tulisan-tulisannya tentang akibat-akibat buruk yang ditimbulkan dari  perkawinan antar kerabat dekat dan keuntungan dari perkawinan silang.
 
  Pengembangan teori
    
 Karena kuatir akan kritik dari kaum ilmuwan  dan agamawan, Darwin menghabiskan puluhan tahun untuk mengembangkan  teori-teori evolusinya, dan pada umumnya secara rahasia.
   Darwin sudah lama berpikir tentang evolusi ide; bahwa semua species  berhubungan satu sama lain dan mempunyai "common ancestor" (berasal dari  satu garis keturunan) dan melalui mutasi species baru muncul. Namun dia  masih penasaran tentang mekanisme bagaimana proses itu terjadi. Secara  kebetulan, ia membaca tulisal-tulisan Thomas Malthus. Malthus berpendapat bahwa populasi manusia bertambah lebih  cepat daripada produksi makanan, sehingga menyebabkan manusia bersaing  satu sama lain untuk memperebutkan makanan dan menjadikan perbuatan amal  sia-sia. Dengan gembira Darwin menggunakan mekanisme ini untuk  menjelaskan teorinya. Ia menulis: "Manusia cenderung untuk bertambah  dalam tingkat yang lebih besar daripada caranya untuk bertahan.  Akibatnya, sesekali ia harus berjuang keras untuk bertahan, dan seleksi  alam akan mempengaruhi apa yang terletak di dalam jangkauan ini." (Descent  of Man, Ps.21) Ia menghubungkan hal ini dengan temuan-temuannya  mengenai spesies-spesies yang terkait dengan tempat-tempat,  penelitiannya tentang pengembang-biakan binatang, dan gagasan tentang "hukum  seleksi alam" (Natural Selection). Menjelang akhir 1838 ia  membandingkan ciri-ciri seleksi para peternak dengan seleksi alam  menurut teori Malthus dari varian-varian yang terjadi "secara kebetulan"  sehingga "setiap bagian dari struktur yang baru diperoleh sepenuhnya  dipraktikkan dan disempurnakan", dan menganggap bahwa ini adalah "bagian  yang paling indah dari teori saya" tentang bagaimana spesies-spesies  itu bermula.
 Darwin kini adalah seorang geolog terkemuka di kalangan elit ilmiah  di antara para pendeta yang juga adalah kaum naturalis. Secara kuangan  ia cukup mapan dengan penghasilan pribadi. Ia mempunyai banyak sekali  pekerjaan yang harus dilakukannya, menuliskan temuan-temuan dan  teori-teorinya, dan mengawasi persiapan penulisan rangkaian bukunya Zoologi  yang menggambarkan koleksi-koleksinya. Ia yakin akan kebenaran evolusi, namun untuk jangka waktu yang lama ia  sadar bahwa transmutasi spesies dihubungkan dengan  penyangkalan terhadap Tuhan serta dengan para agitator demokratis di  Britania yang berusaha menggulingkan masyarakat. Jadi, penerbitan  teorinya dapat mengancam reputasinya. Darwin melakukan banyak percobaan  dengan tanaman dan melakukan berbagai konsultasi dengan para peternak  binatang, termasuk peternak burung merpati dan babi, sambil berusaha  menemukan jawaban-jawaban yang kuat terhadap semua argumen yang  diantisipasinya ketika ia menyajikan teorinya di muka umum.
 Ketika laporan FitzRoy diterbitkan pada Mei 1839, Jurnal dan  Catatan-catatan Darwin mendapatkan sambutan hangat. Belakangan pada  tahun yang sama, tulisan itu diterbitkannya sendiri, laku keras dan kini  dikenal sebagai The  Voyage of the Beagle (Pelayaran Beagle). Pada Desember 1839,  ketika Emma sedang hamil untuk pertama kalinya, Darwin kembali jatuh  sakit.
  Penerbitan buku  Asal-Usul Spesies dan kontroversi
  Darwin menulis ide tentang evolusi di buku Asal-usul Spesies (The Origin of Species) yang  menjelaskan teori evolusi. Pada mulanya, Darwin sungkan untuk  menerbitkan hasil pemikiran dan hasil observasinya yang sangat radikal,  terutama di zaman itu, Inggris di zaman Victoria.  Selama bertahun-tahun, ia menyimpan ide ini dan hanya berbicara dengan  teman sekerja yang dipercayanya. Salah satu motivasi Darwin untuk pada  akhirnya menerbitkan buku ini adalah dorongan dari Alfred Russel Wallace. Wallace sendiri juga menulis  tentang ide serupa dan mengirimkannya ke Darwin. Darwin dinasehatkan  untuk secepatnya menyelesaikan tulisannya. Di tahun 1859, buku The  Origin of Species diterbitkan dan,secara tidak diduga, menjadi laku  keras dan kontroversial.
 Walaupun Darwin tidak membahas evolusi manusia secara  terang-terangan, bukunya mendapat tantangan keras, baik dari kaum  ilmiah, maupun masyarakat, terutama pihak gereja. Di periode yang sulit  ini, Darwin didampingi oleh salah satu kawan setianya, Thomas  Huxley, yang dijuluki "Darwin Bulldog". Secara jitu dan tajam,  Huxley membela Darwin teori dari serangan-serangan. Salah satu episode  yang terkenal ialah debat antara Huxley dengan Bishop Samuel  Wilberforce.